1962-ben vette feleségül Cynthia Powell-t, akivel Liverpool College of Art nevű iskolában ismerkedett meg.Ő egy gyermeket szült neki akit anyja emlékére Julian-nek neveztek el. Cynthiával 1968-ban vált el amikor már későbbi feleségével Yoko Ono-val volt együtt.

                                Cynthiaval

Második feleségét Yoko Ono-t 1966 ban ismert meg Yoko Ono egyik kiállításán.

,,Arról az eseményről tájékoztattak, hogy egy japán avantgarde művész érkezik Amerikából. Nézelődtem a galériában, megláttam azt a létrát, amire felmásztam és ott a tetején belenéztem egy kicsi távcsőbe. Elég bután éreztem magam, csak annyit láttam: IGEN. Nos, abban az időben az avatgarde annyiból állt, hogy kalapáccsal összetörték a zongorát és a szobrokat és mindennel ellenes, ellenes, ellenes, ellenes, ellenes. Csupa negatív marhaság. Az az IGEN arra késztett, hogy ott maradjak az almákkal és a szögekkel a galériában. Nem volt olyan jelzés, amely azt mondta volna, hogy verj be egy szöget, így megkérdeztem: ,,Beverhetek egy szöget?" De Yoko azt mondta, hogy nem, mert a nyitás csak a következő napon lesz. De odajött a tulaj, és azt súgta neki: ,,Hagyd, hogy beverjen egy szöget. Tudod ő egy milliomos. lehet, hogy megveszi." Úgyhogy egy kis kerekasztal-konferenciát tartottak, minekutánna Yoko végül azt mondta: OK, 5 shillingért beverhetsz egy szöget." Nos, Én vagányul azt mondtam:,,Adok magának képzeletben 5 shillinget és beverek egy képzeletbeli szöbet." És akkor találkoztunk valójában. Akkor pillantásunk egybefonódott és ő megkapta, én megkaptam mint ahogy az összes velünk készült riportból kitűnik - a többi törtnelem."-idézte fel találkozásukat John egy 1980 őszén készült magnós beszélgetésen.

Yoko Onoval 1969-ben házasodott össze Gibraltáron titokban egy gyermekük született nagy nehézségek árán, mert az orvosok szerint John spermái a régebbi kábítószerezései miatt tönkre mentek, Yoko pedig már 43 éves volt és fiatal korában sok volt a vetélése. De egy 18 hónapos kúrának köszönhetően mégis sikrült Yokonak teherbe esnie. A gyermek a Sean nevet kapta.

                   Yokoval

John halálakor Julian 17, Sean mindössze 5 éves volt. Ma mindketten zenélnek több albumuk is megjelent már.

       Julian                                             Sean